在与新疆队的第二个赛季结束后，周琦宣布参加2016年NBA选秀。2016年6月23日，周琦在第二轮43顺位被休斯敦火箭队选中。然而据报导，周琦的团队对他的选秀结果感到失望，导致他在里约奥运会和其他赛事中的表现下降。
2017年7月6日，周琦与休斯敦火箭队签约。2017年10月21日，火箭对上达拉斯独行侠。周琦迎来常规赛首秀，登场7分钟，攻下3篮板1盖帽。2017年11月2日，周琦职业生涯首次得分。在他的新秀赛季期间，多次被下放至NBA发展联盟的里奥格兰特德山谷毒蛇。
2018年7月，周琦第二次参加夏季联赛，在四场比赛中分别交出10分5篮板、9分6篮板4封盖、12分8篮板1助攻5封盖以及17分7篮板1助攻4封盖的亮眼成绩，场均两分命中率超过80%，三分命中率亦超过50%。夏联期间亦有网友拍摄到周琦正在拉斯维加斯当地某场馆内接受加内特的训练。[17]
2018年12月18日，根据雅虎体育NBA记者Shams Charania报导，休斯敦火箭已经将中国球员周琦给裁掉。
【 在 taugulua 的大作中提到: 】
: 反正呆着也是呆着
: 你不看好周琦的前景
: 我看好周琦的前景
: ...................
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