肺癌原发及转移的多组学进化特征 | TRACERx研究Nature系列文章解读（三）

原创 小鹿-先森
测序中国 2023-05-06 14:23 https://mp.weixin.qq.com/s/65mu2jbt8qSDl0L5uH-kDw

导读
肿瘤内异质性（Intratumour heterogeneity, ITH）促进了肺癌的进化，从而导致免疫逃避和对治疗的抵抗。在非小细胞肺癌（NSCLC）小鼠模型中，转录组可塑性已被证明是ITH的基础。虽然基因组变异可反映肿瘤进化中获得的体细胞事件，但转录组变异可提供采样时精准的肿瘤表型状态。迄今为止，大多数人类肿瘤进化研究都集中在基因组改变对癌症的影响方面。转录组学研究倾向于关注单个时间点单个活检样本中的基因表达状态，但无法捕获转录组学过程，包括等位基因特异性表达（ASE）和RNA编辑，这些转录组学过程可能对癌症进化产生重要影响。
近日，Nature发表了题为“Genomic–transcriptomic evolution in lung cancer and metastasis”的研究文章。TRACERx联盟的研究团队使用配对的全外显子组和转录组测序数据，探索了TRACERx前瞻性临床研究项目中354例NSCLC的瘤内转录组多样性。对代表原发和转移性疾病的947个肿瘤区域以及96个癌旁正常组织样本的分析表明，转录组是表型变异的主要来源，基因表达水平和ITH与肿瘤进化过程中的正向和负向选择模式有关。
总的来说，通过描述原发-转移性肿瘤的转录组特征，并结合多种机器学习方法，研究团队利用基因组和转录组将转移潜力与原发肿瘤区域内突变和增殖的进化背景联系起来，强调了基因组和转录组在影响ITH、肺癌进化和转移方面的相互作用。
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