https://baijiahao.baidu.com/s?id=1713130936677425574&wfr=spider&for=pc一、 简介
CUT&Tag是蛋白质-DNA互作关系研究的新方法，2019年弗雷德哈钦森癌症研究中心的Henikoff博士在Nature Communication公开了该技术的详细结果与实验方案。与以往的ChIP-Seq、pA-MNase等方法相比，这种技术方法简便易行，信噪比高，重复性好，需要的细胞数量少至60个细胞，且有望将ChIP-Seq做到单细胞水平。
本文将就近期发表在Genome Research上的一篇文章为例介绍本技术的一个应用场景。
与我们以往的经验不同，本文的研究对象不是组蛋白，也不是转录因子，而是G-四链体（G4）。
G-四链体（G4s）是通过鸟嘌呤自结合形成的非规范DNA二级结构，是一种暂时性结构，大量存在于即将分裂的细胞中，可参与多种生物过程，包括基因转录、DNA复制、基因组不稳定性以及端粒延长和维持（Varshney et al.2020）。基因转录是染色质松弛和单链DNA（ssDNA）暴露的驱动力，这是G4形成的先决条件。2020年8月有研究表明G-四链体的丰度和位置在癌症中有重要作用，可以作为开发诊疗方法，对抗乳腺癌的重要潜在靶点。另外也有研究表明，每种乳腺癌亚型都有不同的G-四链体模式或“景观”。确定肿瘤中G-四链体的特殊模式，有助于查明乳腺癌亚型，从而提供更具针对性的精准治疗。然而，关于G4s在转录调控中的确切作用的全基因组研究仍然缺乏。
本文建立了一种敏感的G4-CUT&Tag方法，用于高分辨率和特异性的天然G4s全基因组分析。
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