四个基因组就发了nature！

原创 张积极  生信人  今天

分享的是今年（2020）1月发表在nature上面的一篇文章：Ancient West African foragers in the context of African population history.本文的研究者通过在Shum Lake考古遗址中发现的四个孩子的古DNA数据推断出了全非洲的系统发育史！

Ancient West African foragers in the context of African population history
古基因组学研究终于到达了人类的摇篮:非洲

在正式理解文章之前，我们先理解一些群体遗传的分析方法：
①PCA：主成分分析是我们所熟知的一种降维处理数据的方法，在群体遗传当中也是最常用的手段之一，应用的数据主要是高密度的SNP标记（其他的分子标记也可以，但较为少用），其思想是通过将多个线性相关的变量（这里的变量是SNP），通过一系列的矩阵转换，变成几个变异解释度大的线性无关变量，也就是特征向量。其作用是用来分析大群体（全部样本）中存在的小群体结构分层，为推断全体历史做基础工作，在进行全基因组关联分析的时候也可以将PCA得到的群体结构作为协变量进行校正。

②分子系统发生推断（也就是我们常说的建进化树）：系统发生是指生物或进化的历史，分子系统发生推断是根据现有的基因组数据来回溯推断某物种群体的进化历史的方法。在群体遗传中常利用的数据是分子标记数据（例如SNP数据），推断过程主要分为特征数据分析、系统发生树的构建以及结果的检验。当然这些现在都是通过软件实现的。建树是一个看上去比较简单但是却很需要经验的工作，因为要对推断的结果进行判断。

③等位基因共享分析：是基因组学中研究目标个体的亲属获得相同等位基因的概率是否大于随机抽样个体的预期概率的方法。也可以反向验证满足这种概率关系的个体是否存在亲属关系。常用的软件就是本文用到的ADMIXTOOLS.

具体分析方法和对应的结果https://mp.weixin.qq.com/s/m-X6BbEmMlmvSkbn-VC13Q
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