微博:子陵在听歌
Trevor Bedford新的对于多种Omicron亚型的分子流行病学预测非常重要，特别推荐这个解释，因为其直接关乎到了今后几个月全球疫情的走向，我也在这条微博结尾做了相应的解读。这些亚型最重要的是452突变，这个突变位点十分关键。而这里涉及到了纽约发现的BA.2.12.1（BA.2亚型的子亚型），和很多人经常询问的在南非发现的BA.4和BA.5。

Omicron能够迅速成为全球流行毒株，除了它传播速度快，更重要的是它有显著的免疫逃逸，从而逃逸了之前毒株感染建立的体液免疫屏障。有趣的是，BA.2取代BA.1并不是因为免疫逃逸（决定免疫逃逸特性的S1亚基在BA.2和BA.1之前差异很小），而是单纯的因为BA.2传播更快，而BA.2的免疫逃逸甚至略低于BA.1。

目前BA.2亚型进一步发生分枝内的突变，由此已形成了21个子亚型，这些子亚型的病毒学特征与BA.2类似；但其中一个子亚型BA.2.12.1非常值得关注，因为它具有S704L和L452Q两个新突变，而众所周知，L452是Delta突变株的最关键突变，L452使Delta具有传播优势，因此具有L452的BA.2.12.1十分重要。纽约州3月初BA.2.12.1只占检出病例1%，但到了4月初已经占到了18%。麻省在3月初检出率1%，到了4月初为7%。由此计算出BA.2.12.1的相对增长速度大约在0.06-0.11，这一增速是BA.2相对BA.1的增长速度。

更复杂的是BA.4和BA.5。BA.4和BA.5有和Delta完全一致的突变L452R（不是BA.2.12.1的L452Q），还具有F486V和回复突变Q493R。BA.4出现在去年发现Omicron的Gauteng，到4月为止BA.4已经占据了当地检出的60%；而BA.5则在KwaZulu-Natal流行，到4月已经占据了当地的55%。BA.4的相对增长速度大约为0.09，BA.5为0.11，与BA.2.12.1大致相同。所以可见L452突变对于这3种亚型在分子流行上的影响具有相似性。L452突变似乎对免疫逃逸影响较小，但对病毒传播影响较大；相比之下，F486V这个突变可能会造成进一步的免疫逃逸。

Bedford预测，具有L452R/Q突变的BA.2.12.1，BA.4和BA.5等具有Omicron叠加Delta关键突变的毒株更有传播优势，因此有可能会成为今后的主要流行突变株；但也有可能Omicron其他突变亚型的出现会与携带L452R/Q的Omicron相竞争。然而随着Omicron亚型进化的加剧，Omicron越来越表现出流感抗原漂移的特征，毒力也趋于稳定或减弱，这种流行病学趋势越来越像季节性流感。

最后再补充一点，Omicron和原始野生型相比有32个Spike突变，从单碱基突变造成氨基酸突变的角度来看，这已经是SARS-CoV-2进化的一种极限形式，因此之前就有预测在今后很久的时间不会有其他VOC突变株出现取代Omicron，甚至Omicron会发生回复突变（A66gPTP9）。从Omicron流行5个月的分子流行病学数据来看，这一猜测确实是被逐渐验证的，目前新涌现的突变株都是Omicron基础上的突变亚型或Omicron与其他突变株的混合型。也许今后的病毒流行趋势就是Omicron+L452R/Q这种新亚型。虽然这些新亚型依然不是SARS-CoV-2最终的稳定形势，抗原漂移会不断发生，但今后一段时间的情况可能是Omicron的一种具有传播优势的亚型（很可能只是由于一个氨基酸突变）逐渐取代下一种，进而形成流行小高峰

发自「今日水木 on Redmi K30」
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