在分子动力学中力场的选取是十分重要的,最好根据所要研究的
体系选取适当的力场以及相应的应用软件。
几种比较常见的力场有:
AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) 力场,
这种力场及软件在生物分子如蛋白质与核酸分子的模拟取得了非常好的结果
CHARmm (Chemistry at HARvard marcromolecular mechanics) 力场,
同样起源于对蛋白质和核酸分子的模拟,目前该力场和软件在生物分
子、溶液体系、晶体堆积、振动分析以及QM/MM等分子模拟研究中有着广泛的应用
GROMOS (Gronigen Molecular Simulation) 力场,这种力场和软件在生物分子及液体体
系的动态性质的模拟中应用非常普遍
相应的软件为GROMOS96, GROMACS等.
Tripos力场 (亦称SYBYL力场) 被Alchemy和SYBYL软件所采用,
主要应用于有机和生物有机化合物的定量活性-结构关系 (Quantitative Structure-Ac
tivity Relationship, QSAR)研究及比较分子力场分析(Comparative Molecular Forcefield Analysis, CoMFA)
CEDER力场:应用于在生物分子及液体体系的动态性质的模拟。应用软件有SIGMA等
此外其它力场如UFF力场,CFF力场,DREDING力场,MM+/X力场等等也被广泛地应用于分
子模拟中。应用软件有hyperchem, GAUSSIAN等
还有其他很多用作分子动力学模拟的软件,不过我知道的就这些了
呵呵
【 在 yydtiger (想解决一切问题) 的大作中提到: 】
: 我做的是有关纳米切削方面的研究,
: 不是化学方面的,看到好多人在作,不知道是自己编程
: 还是用软件作的(查到一个软件:hyperchem)
: 请赐教
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