是1999年，在吞并北京气象学院之后，其整体实力猛增，开始着手学校升格更名大学的工作，当时摆在南京气象学院面前的有三个选项：
一是要大气，更名中国气象大学；二是赶时髦，更名南京科技大学；三是独一份，更名南京信息工程大学。
据说当初南京气象学院选择了更名中国气象大学的选项，并且还得到了中国气象局的全力支持，凭借该校在气象行业的老大地位，这个名字自然是最合适不过的了。
但从另一个角度来看，气象学科属于小众学科，相较于科技、工程、理工等时髦的名字，就显得冷门、逊色不少；同时这一命名太过狭窄，辐射带动力比较有限，不利于学科布局和延伸，也不利于大学扩张性的高质量发展。
而且更重要的是，那时冠以中国二字的大学更名申请，教育部已不再批复。此路不通，只好作罢。
若更名科技大学，则气象学院的特色无法保住，放至全国，科技大学呈批量爆发之势，势必会泯然众人。更名信息工程大学，至少是全国独一份的，辨识度也很高，最终学校选择了“南京信息工程大学”这一名称。
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