施一公的祖父是原上海市人大常委会副主任施平，云南大姚人。父亲出生于浙江杭州，但生长于江苏、上海等地，母亲来自江苏丹阳的吕城镇，高中毕业后考入北京矿业学院。父母大学毕业后选择到河南工作。施一公出生在河南郑州，两岁半就随父母下放到河南省中南部的驻马店市汝南县老君庙乡闫寨大队小郭庄。
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