1999年4月，北京大学和北京航空航天大学贯彻"共建、调整、合作、合并"的高等教育体制改革方针，充分发挥北大文理学科和北航工程技术学科的优势，成立了北京大学工程研究院。北大工程研究院设在北航，接受北大和北航的双重领导。2004年，在黄琳院士的主持下，北京大学航空航天动力学与控制实验室正式成立。两个机构的成立拉开了大规模进军航空航天领域大幕。2006年，原力学与工程科学系并入工学院，更名为力学与空天技术系，实现了工学院的发展壮大。2008年，工学院在力学与空天技术系开设了"航空航天工程"本科专业。关于航空航天工程系的建设，工学院自重建之初就开始筹划，并进行了全国调研，与学校多次论证，得到了学校支持，2010年5月，在学校与学院各老师的努力下，航空航天工程系终于得以成立。2013年6月，航空航天工程系申报"航空航天工程"二级学科博士学位点，接受专家组成员的评议，专家组评议结论是"一致同意北京大学自主设置目录外航空航天工程二级学科点"。

郑志明来北航的身份之一就是北大工程研究院院长。

2003年11月14日，北京大学工程研究院首届"卫星导航工程技术论坛"在北京航空航天大学举行。论坛由北京大学工程研究院院长、北京航空航天大学理学院院长郑志明教授主持。

2005年1月21日，北京大学工程研究院"第二届卫星导航工程技术论坛"在北京航空航天大学逸夫科学馆一层报告厅举行。

2005年，由北京大学地空学院遥感所与我校电子信息工程学院与通信工程系共同发起，北京大学工程研究院资助成立了"北京大学工程研究院卫星导航工程技术中心"。
2005年12月21日，北京大学工程研究院场发射扫描电子显微镜(含X射线能谱仪)设备招标。

2010年10月16日，北京航空航天大学党委常委、党委委员、副校长、北大工程研究院院长郑志明在创新园大厦A1101开设《若干重大前沿工程技术中的数学问题研究》讲座。

2012年3月18日。 光明日报《夯实发展基础--北京航空航天大学干部队伍建设纪实》中谈到:近两年，被人形象地称之为由"伯乐相马"到"赛场赛马"的变化，最终原材料学院院长徐惠彬教授、原理学院院长兼北大工程研究院院长郑志明教授脱颖而出。2015 年1月9日举行的2014年度国家科学技术奖励大会上，郑志明教授主持的某项目获国家技术发明一等奖。2017年当选为中国科学院院士。2003年至北京航空航天大学工作，历任理学院院长、高等工程学院院长、副校长等职务。现任北航数学学院教授、博士生导师、国家重点实验室主任
【 在 michaelxie 的大作中提到: 】
: 2001年左右确实一直挂着这个牌子，就在现在的新主楼那个校门
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