南京在大力支持南大建设以下机构
南京大学南京微结构国家实验室，2018年3月29日纳入南京“两落地一融合”发展
南大科学园，建筑面积75万平方米，由南大与南京合作创办，由南京出资50亿元兴建
南大科技园已在南京建立鼓楼园区、仙林园区、新港广电创新园区、江宁环保创新园区与浦口南大科技产业园区。依托南大资源孵化企业 600 余家，实现49家校友企业上市
南京大学—鼓楼高校国家大学科技园
南京大学江宁科技产业园（南京大学江宁科技园）占地面积208.5亩，规划建设面积近37万平方米，投资总额20亿元。园区重点依托南大电子科学与工程系、计算机科学与技术系、先进技术研究院等，以电子通讯、软件研发、服务外包、物联网技术和新材料为重点产业发展方向，具体建设工作由南京大学资产经营有限公司运作
南京智能计算芯片研究院2018-09-25，南京“两落地一融合”项目
南京智慧型服务机器人创新研究院2020-08-06
南京大学南京江北新区先进光电集成技术研究院
南京电子智慧型服务机器人研究院2018-09-25，南京“两落地一融合”项目
南京大学传感与成像技术研究院，2018年3月29日纳入南京“两落地一融合”发展
南京大学先进光电集成技术研究院，2018年3月29日纳入南京“两落地一融合”发展  
江苏省光电子芯片人才攻关联合体，2023年揭牌
江苏省光电技术创新中心，2023年揭牌，南京市与南大共建
南京大学"光电子芯片"国家级创新平台，2023年南京市与南京大学校地重点合作项目
江苏原子团簇与器件制造研究院（浦口区）
南京长江科技园（即南京大学—鼓楼高校国家大学科技园长江创业园）面积4.6万平米，建筑面积22万平米  
南京南大光电工程研究院
南京大学南京江北新区先进光电集成技术研究院2018-09-25，南京“两落地一融合”项目
南京南智先进光电集成技术研究院（南智光电）2020-08-06，链接南京大学固体微结构物理国家重点实验室等国家级平台和光电产业园区，两年内3项成果入选中国光学十大进展，拥有知识产权80件，连续3年实现主营业务收入80%年增长。已为全国300余家企业和研究单位提供技术服务，帮助他们解决科研难题、突破产业化技术瓶颈，产生了积极的社会反响和实实在在的经济效益
南京长江科技园（即南京大学—鼓楼高校国家大学科技园长江创业园）面积4.6万平米，建筑面积22万平米
南京大学科创实验室，2018年3月29日纳入南京“两落地一融合”发展
南大校友智能制造和工业互联网研创园，占地面积7亩，建筑面积1.7万平方米，总投资5亿元  
苏港（国际）青年创新创业基地，2023年南京市与南京大学校地重点合作项目
南京大学国家大学科技园信息应用技术园区2022-04-01，由南大科技园与鼓楼高新区共建
南京大学国家双创示范基地（江宁基地），2017-09-22，由南大与江宁共建
江苏集创原子团簇科技研究院（浦口区）
南京大学国家大学科技园仙林园区，由南大与仙林大学城共建
南京大学国家大学科技园浦口园区，由南大与浦口高新区共建，重点建设数字经济和集成电路加速器
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