为国家安全计，明政府乃于澎湖再设巡检司。嘉靖以降，明朝官军多次到台湾岛上追剿逃亡到那里的海上私人武装集团及入侵的倭寇，台湾成为中国海上防卫的重要阵地。据乾隆范咸《重修台湾府志》记载：“嘉靖四十二年，林道乾寇乱边海，都督俞大猷逐道乾入台，侦知港道纡回，不敢进，留偏师驻澎，时哨鹿耳门外。道乾以台非久居所，遂恣杀土番，取膏血造舟，从安平二鲲身隙间遁去占城。……道乾既遁，澎之驻师亦罢，因设巡检守之”。这是明代官军剿寇台湾本岛之始。万历初年又有以林凤为首的海上私人武装集团在闽粤沿海活动，林凤又名林凤鸣。据《明实录》卷26记载：“万历二年六月戊申……逋贼林凤鸣拥其党万人，东走福建，总兵胡守仁逐之，因招渔民刘以道，谕东番合剿，远遁”。同书卷30又载：“万历二年十月辛酉，福建海贼林凤自澎湖往东番魍港，总兵胡守仁、参将呼良朋追击之，传谕番人夹攻，贼船煨烬，凤等逃散。巡抚刘尧诲赏赉有差”。所谓“东番”，即指台湾；而魍港，据考证，为今台湾省嘉义县布袋镇的虎尾寮。胡守仁追击林凤到魍港是继总兵俞大猷之后明官军第二次入台作战。
【 在 ericzeng 的大作中提到: 】
: 明朝的澎湖巡检司什么时候巡检小琉球了？给出证据呀
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