1945年8月，日本投降。曹祥仁此时调到晋察冀根据地，主持军区二局的组建和运作。1946年6月，国共内战爆发。二局侦听敌人密报，向军区提供可靠情报，但由于对敌人战斗力估计不足，战术运用不当，一开始仗就没有打好，陷入被动。
9月下旬，军区主力投入保卫张家口的战斗，十多天时间，歼敌1万多人。此时，蒋介石将张家口划归傅作义管辖，调动了傅作义的积极性。二局及时侦听到这个情报。接着，二局发现平绥路西段傅作义的骑四师等部的电台联络突然出现了静默状态。对于侦听工作来说，截获敌报是情报，发现对方突然静默也是情报。根据多年情报判断的经验，曹祥仁向军区首长报告，敌可能用骑兵部队迂回包抄袭击我军。但是，“首长不信，竟然反问：‘你怎么知道的？’曹祥仁一再坚持，甚至发生争执，但仍未引起上级重视”。
曹祥仁的判断不幸言中，晋察冀军区部队仓促应战，作战失利。
10月，战后总结教训，军区领导承认：“对集中优势兵力歼灭敌人的思想，在战役指导上和战术指挥上均存在问题。”但问题仍然存在。
1947年2月17日，军区三纵、四纵对姚村敌第九十四军发起总攻。二局侦得敌人两个师将增援姚村，遂向军区领导作了报告。前指司令员同时接到了前线地面侦察报告，说敌人已经突围，于是决定停止围攻，改为追击。曹祥仁和彭富九都报告，电台侦听证实敌人没有跑，他们接连发出SOS求援电报，已无斗志，再坚持一下就能把敌人解决，敌人的援兵赶不到。但对方的答复竟然是：“地面侦察说跑了，你们整天坐在房子里知道什么！”《破译科长》记载：“曹祥仁火冒三丈，说：不会当司令就让别人当嘛！最后双方都气得摔了电话。”
结果，煮熟的鸭子飞了。彭富九说：“为这个，二局的同志火了，因为在空中抓住敌人一个情报很不容易。”
看来，抓住情报和运用情报之间，还有一个互相信任、磨合和正确运用的过程。一旦获得情报，如何判断和决策就成了胜败的关键。
接连的窝囊仗，令曹祥仁萌生去意，要求到东北战场去。军区首长用军区副参谋长兼军区情报处处长的职务都没留住曹祥仁，最终还是放他走了。
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