SEM成像条件一般是不能用作共聚焦模式的。不过有一种实现3维图像的做法：扫描一个表面之后，用离子束切掉表面一层，然后再用SEM扫暴露出的表面，依次下去，可以获得3维图像。当然，这里的SEM需要增加离子束，一般称为聚焦离子束电镜了。生物学上看组织或细胞有人这样做，不过效率还是不高。
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