2009年2月,宋永华加盟清华,任电机系全职教授,4月被任命为清华大学校长助理、低碳能源实验室副主任。
2009年4月25日,清华大学出土文献研究与保护中心成立仪式在清华大学主楼举行。
2009年9月,清华大学生命科学学院成立,撤消清华大学生物科学与技术系建制。
2009年10月,在天津,北大、清华赛艇队再次交手,北大的一名选手也因参赛资格问题而被取消比赛成绩。 而这次的比赛,成为了两校赛艇队最后一次比赛。
2009年11月1日,清华大学成立国学研究院,位于清华大学图书馆北侧的立斋。
2009年12月17日,清华大学数学科学中心挂牌成立,国际著名数学家丘成桐任中心主任。
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