藏传佛教在本土化过程中历经了3个重要阶段，即吐蕃佛教、宗派形成与思想纷争、格鲁派创立与藏传佛教完全形成。其中，第三个阶段的代表人物是在雪域高原被誉为“三界法王”“文殊再现”的宗喀巴。宗喀巴集前人学说与各宗派观点之大成，结束了数百年以来的学术争论，解决了诸多理论和修法之间的矛盾，并进行宗教改革，创建格鲁派，推动汉藏民族团结。
宗喀巴，全称宗喀巴·罗桑札巴，1357年生于青海宗喀地方（今青海湟水流域），后人尊称其为宗喀巴。
宗喀巴3岁时便从噶举派黑帽系的第四世活佛若比多杰受近事戒。同年得到法王顿珠仁钦教导。7岁时，在噶当派夏琼寺出家，正式受沙弥戒，取名罗桑扎巴。随后跟从顿珠仁钦学习显教10年，并对噶当派教理有所研习。
宗喀巴自22岁开始辗转于萨迦、贡塘、桑浦等佛学研修中心，参与辩论活动；25岁时已精通《慈氏五论》《俱舍论》《释量论》《入中论》和《律学》等五部大论及十明学，在各大名寺立宗答辩，展现非凡才华。1380至1381年，在纳塘寺依《释量论》《集论》《俱舍论》《律经》立宗答辩，象征着宗喀巴在佛教哲学方面已经学有所成，也标志其显教学习阶段的结束。
宗喀巴27岁时，在雅隆地区南杰寺受比丘戒，此后一边为人讲经说法，一边开始系统学习密教。他潜心修学密宗实践和宗教仪轨，系统研习萨迦派的“道果法”、噶举派的“大手印法”等各派密法，还专门研习噶当派的教法及阿底峡的《菩提道灯论》。宗喀巴学密时，并不专尚某一特殊密法，而是强调将佛学理论与自身修证相结合，重视教典，对密典的注释解说和事相仪轨均表现出相当的重视，故而能够博通各派教义和实践修行，丰富自己的思想体系。宗喀巴创立显密相融的佛学体系，确立中观应成派之思想权威，这些为他进行宗教改革、创建格鲁派提供了坚实的理论基础。
明朝初年，藏传佛教教派林立，乱象丛生。一些僧人抛经弃教，学风日下，戒律松弛。僧伽制度的腐败导致藏传佛教自身发展陷入困境。宗喀巴肩负起整饬藏传佛教的历史使命，在宗教改革方面，他采取了4个方面的举措。第一，制定戒规，严肃僧纪。宗喀巴从甘丹寺开始整顿律仪、严肃僧纪，明确规定：僧人必须严格遵守戒律，独身不娶，不营世务，清净禅院。宗喀巴自己率先垂范，他说：“一切功德之根本，则自己所承认守持的戒律应当清净。”并宣讲《菩萨戒品》《事师五十颂》及《密宗十四根本戒》。1401年，宗喀巴、仁达瓦及贾乔贝桑三人在热振附近的囊孜顶商讨整饬僧规，振兴佛教，依《戒律本论》十七事的详细解释，共同制定寺规戒条，正式宣告改革开始。第二，提出完整的佛教理论。1388年，宗喀巴开始戴上黄色桃形僧帽，抛弃当时藏僧一般习惯所戴的红帽，格鲁派因此也被称为“黄教”。他于此时开始著述活动，《金匮论》即完成于此时，此后，他的思想体系日趋成熟。1398年，著《缘起颂》，乃其对性空义见解的名著。1402年，著《菩提道次第广论》，阐述显教完整的思想体系，为格鲁派的根本典籍。1405年，著《密宗道次第广论》，是关于密教的见解及修习方法。此后，著《菩萨戒品释》等三部关于戒律的著作，并著《辩了不了义论》以辨明中观学见解，以及《中论广释》，阐明其哲学观点。这一系列著作构建了藏传佛教完整的佛学体系。第三，严格制定学经次第。宗喀巴在寺中设立教理学院，规范学习制度和学习内容，先小后大，先显后密，循序渐进。显教学习结束并考取格西后，才能进上下密院学习密乘，先学事相，然后学灌顶实修，由此形成一套严谨有序的学习制度体系。第四，在寺院管理方面建立规范典章。格鲁派大小寺院之间隶属关系十分严格，彼此的责任义务都有明确规定。同时，又规定各个寺院一律采用委员议事的形式来处理日常事务，决不允许个人专断，从而形成一套严密的组织制度。
1409年正月，在拉萨进行的大祈愿法会有万余人参加，宗喀巴为主持人。这次法会得到帕主统治集团政治上的大力支持和经济上的慷慨资助，法会所需人力物力大多由阐化王及其所属地方势力承担。可见拉萨大祈愿法会不仅是宗教活动，也是政治、文化、经济的多方互动，彰显出宗喀巴在宗教、政治、文化上的地位。在拉萨大祈愿法会上，宗喀巴决定在离拉萨50里的旺古尔山旁修建本派的寺院。会后，宗喀巴按宗教仪执加持地基，帕主统治集团提供人力物力，由贾曹杰·达玛仁钦等按戒律规定监修，命名为甘丹南结林，简称甘丹寺，成为格鲁派主寺。1416年，宗喀巴让弟子扎喜贝丹在拉萨西郊修建哲蚌寺。扎喜贝丹运用他对帕主统治集团的影响，得到了帮助。宗喀巴的另一个弟子释迦也失以明中央政府所颁的赏赐，于1418年至1419年在拉萨北郊修建了色拉寺。以上三大寺构成格鲁派稳固发展的坚实基础。此后，格鲁派在相当长的一段时间里被称为“新噶当派”，噶当派诸寺也逐步改宗格鲁派。
明王朝对藏族聚居区的政策是“多封众建”“因其俗尚，用僧徒化导为善”，在政治上不偏重于某一个教派，在经济上予以厚赏，在文化上给各大寺院颁赐寺额和甘珠尔大藏经，使得各地方势力倾心内附，从而促使藏族聚居区社会相对安定、民族和睦团结，内地与边疆的经济文化交流进一步得到发展。永乐十二年（1414年），明王朝再次召请宗喀巴进京，但他因病难以成行，所以派弟子释迦也失代表进京。释迦也失于1415年被封为西天佛子大国师，1416年辞归，赏赐甚厚，这是格鲁派受中央政府册封的开始。1418年，释迦也失用明中央政府颁赐的财物修建色拉寺。这座象征着汉藏民族在政治上、文化上紧密团结的寺院，受到宗喀巴的高度重视，他于1419年到色拉寺，参加僧众的半月诵戒会。同时，释迦也失也在青海东部民和马营、甘肃永登及临夏等地传播格鲁派，他修建的马营灵藏寺等，是格鲁派在当地修建的第一批寺院。新兴的格鲁派使藏汉民族的团结有了新气象，明王朝也充分认识到这个新兴教派的社会基础，在宣德年间，不但将释迦也失改封为大慈法王，连他的一些弟子也受到国师封号。
1419年，宗喀巴圆寂于甘丹寺。作为宗教改革家，宗喀巴针砭时弊，振兴当时日趋颓衰的藏传佛教，对当时和以后西藏社会产生深刻影响。作为一代祖师，他著书立说、讲经说法，集大成地构建佛教体系，使藏传佛教哲学思想体系臻于系统化，创立了格鲁派。宗喀巴在巩固和维护中央与地方关系，推动藏汉民族团结以及发扬藏族优秀文化方面，也有着不可忽视的建树。
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