https://mp.weixin.qq.com/s/JDqYFwZ_C3INSeB4gIRr_g

标准分析列表

1 数据处理

1）去除接头污染和低质量数据；
2）产出数据及质控统计；
2 基因组概况（GC-depth 分析，k-mer 分析，NT 库比对）

3 基因组组分分析

1) 基因成分；
2) 重复序列；
3) 非编码 RNA；
4) CRISPR；
5) 前噬菌体；
6) 基因岛。
4 基因功能分析

1)通用功能注释(默认 KEGG、SwissProt、GO，可选 Nr，COG)
2)动物病原细菌致病性和耐药性分析（适用动物病原细菌）
III 型分泌系统效应蛋白预测(革兰氏阴性菌)  ；
病原与宿主互作数据库（PHI）注释 ；
细菌致病菌毒力因子（VFDB）注释 ；
耐药基因（ARDB）注释 ；
3) 植物病原细菌致病性分析（适用植物病原细菌）
III 型分泌系统效应蛋白预测(革兰氏阴性菌) ；
病原与宿主互作数据库（PHI）数据库注释 ；
碳水化合物相关酶（CAZy）数据库注释 ；
5 比较基因组分析（需要参考序列）

1) 结构变异（共线性）；
2) 共有基因和特有基因；
3) 基因家族；
4) 物种进化（基于共有基因和特有基因或基因家族构建系统进化树）；
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FROM 120.236.174.*