microRNAs靶基因数据库哪家强
原创 生信技能树 生信技能树 今天
microRNAs早就不再是科研热点，但毕竟还是遗留下来了不少数据，而且好歹是TCGA计划的多组学中的一环。在自己的研究增加miRNA的角度也是极好的， 通常大家有4个需求：
想知道自己感兴趣的一个或者多个miRNA有哪些靶基因
想知道自己感兴趣的一个或者多个基因由哪些miRNA调控
想知道自己感兴趣的一个或者多个miRNA跟哪些疾病或者药物相关
想知道自己感兴趣的一个或者多个miRNA是否调控自己感兴趣的一个或者多个基因
如果你也有上述需求，那么一个R包推荐给你，发表在Nucleic Acids Res. 2014 Sep的The multiMiR R package and database: integration of microRNA–target interactions along with their disease and drug associations
关于R包的下载安装，我就不多说了：
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="http://mirrors.cloud.tencent.com/CRAN/"))
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.aliyun.com/CRAN/"))
options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl')
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("multiMiR",ask = F,update = F)
安装并且加载multiMiR后，可以看到multiMiR的更新历史：
> library(multiMiR)
> db.ver = multimir_dbInfoVersions()
> db.ver[,1:3]
VERSION UPDATED RDA
1 2.3.0 2020-04-15 multimir_cutoffs_2.3.rda
2 2.2.0 2017-08-08 multimir_cutoffs_2.2.rda
3 2.1.0 2016-12-22 multimir_cutoffs_2.1.rda
4 2.0.0 2015-05-01 multimir_cutoffs.rda
这也就是我为什么推荐它的原因，首先当然是因为基于R，无需理会讨厌的网页工具，其次，它最近一次更新是2020-04-15。全文：
https://mp.weixin.qq.com/s/n_UncYeGIQFLneTMK2rTXQ--
FROM 116.199.102.*