lncRNA最新研究进展盘点（20210610）

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Nat Microbiol丨LncRNA DINOR 是耳念珠菌的毒力因子和应激反应的全局调控因子

IF：15.543
2021年6月3日

新出现的真菌病原体耳念珠菌（Candida auris）对环境胁迫和抗真菌药物表现出很高的抵抗力，这阻碍了治疗和净化。介导这种胁迫耐受性的真菌因子在很大程度上是未知的。本研究通过在C. auris中进行piggyBac、转座子介导、全基因组诱变和遗传筛选，鉴定出一个以丝状体组成型生长的突变体。对转座子插入位点的定位揭示了一个长链非编码RNA的破坏，命名为DINOR，即DNA损伤诱导型非编码RNA。DINOR的缺失导致DNA损伤，以及参与形态发生、DNA损伤和DNA复制的基因的上调。DNA检查点激酶Rad53在dinorΔ突变体中被过度磷酸化，RAD53的缺失消除了DNA损伤诱导的丝状形成。DNA烷化剂会引起类似的丝状生长，诱导DINOR表达，表明DINOR在维持基因组完整性方面发挥作用。在暴露于抗真菌药物卡泊芬净和两性霉素B、巨噬细胞、H2O2和十二烷基硫酸钠期间也发生了DINOR的上调，表明DINOR协调了多种应激反应。一致地，dinorΔ突变体对这些压力表现出更高的敏感性，并在小鼠中减弱了毒性。此外，全基因组遗传相互作用研究揭示了DINOR和TOR信号传导功能之间的联系，这是一个进化上保守的调节应激反应的途径。DINOR调节耳念珠菌应激反应的机制的确定可能为今后的治疗学发展提供机会。

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Fig1. DINOR是C. auris对H2O2、抗真菌药物和 SDS 的反应以及小鼠致病性所必需的

原文链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34083769/



Nat Commun丨长链非编码RNA Nron抗骨质疏松的功能基序

IF：12.121
2021年6月3日

长链非编码RNAs广泛参与多种疾病过程。尽管如此，它们在骨吸收中的调节作用尚不明确。本研究确定了lncRNA Nron为骨吸收的关键抑制因子。证明了破骨细胞Nron敲除小鼠表现出骨量减少表型和骨吸收活性升高。相反，破骨细胞Nron转基因小鼠表现出较低的骨吸收和较高的骨量。此外，Nron 的药理过表达抑制了骨吸收，同时在小鼠中引起明显的副作用。为了尽量减少副作用，研究人员进一步确定了Nron的功能基序。将Nron功能基序传递给破骨细胞有效地逆转了骨质流失，而没有明显的副作用。机制上，Nron 的功能基序与E3泛素连接酶CUL4B相互作用以调节ERα的稳定性。这些结果表明，Nron是一种关键的骨吸收抑制因子，并且lncRNA功能基序可潜在地用于治疗副作用风险较小的疾病。

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Fig2. Nron的功能基序可以改善OVX小鼠的皮质骨强度

原文链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34083547/



Mol Plant丨春化诱导的lncRNA VAS与转录因子TaRF2b共同激活TaVRN1 以调控六倍体小麦开花

IF：12.084
2021年5月27日

春化作用是冬季植物在长时间的冷暴露下建立开花能力的一种生理过程。在六倍体小麦中，TaVRN1是一种冷诱导的关键调节因子，可加速开花转型。然而，TaVRN1在春化过程中逐渐激活的分子机制尚不清楚。本研究鉴定了一种新的转录本VAS（TaVRN1可变剪接）作为一种非编码RNA，其源自仅在冬小麦中的VRN1基因正义链，可调节VRN1转录以促进开花。数据表明，VAS在春化早期被诱导，VAS的过表达促进了VRN1的表达，从而加速了冬小麦的开花。在春化中期，VAS与TaRF2b物理结合并促进TaRF2b-TaRF2a复合物与TaVRN1启动子对接。TaRF2b识别TaVRN1近端启动子区域内的Sp1基序，随着春化过程中TaVRN1基因位点环结构的破坏而逐渐暴露，从而激活TaVRN1的转录。tarf2b突变体延迟了开花，但过表达株系表现出更早的开花时间。因此，本研究结果揭示了一种长链非编码RNA的独特调控机制，通过该机制促进转录因子靶向调控小麦开花，为理解春化分子过程和小麦作物遗传改良的潜力提供了新的见解。

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Fig3. 春化过程中VAS调节TaVRN1激活的潜在模型

原文链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34052392/



Nucleic Acids Res丨SRSF1和SRSF7向无内含子lncRNA NKILA的序列依赖性募集通过TREX/TAP通路促进核输出

IF：11.501
2021年6月7日

TREX-TAP通路对于mRNA输出至关重要。对于剪接的mRNA，TREX复合物在剪接过程中会被募集；但对于无内含子的mRNA，募集是序列依赖性的。然而，关于细胞质长链非编码RNA (lncRNA)的输出还知之甚少。本研究报道了在无内含子lncRNA NKILA中鉴定的细胞质积累区域(CAR-N)。CAR-N缺失导致NKILA强烈的核保留，CAR-N插入促进了cDNA转录本的输出。进一步的研究发现SRSF1和SRSF7对NKILA输出至关重要，并在CAR-N的55个核苷酸序列内鉴定了一簇SRSF1/7结合位点。对于敲入模型中缺乏CAR-N或结合位点簇的NKILA，观察到NKILA的显著核富集。TREX-TAP通路成分的缺失导致了NKILA的强烈核保留。RNA和蛋白质免疫沉淀证实SRSF1/7与NKILA结合并与UAP56和ALYREF相互作用。此外，缺乏CAR-N的NKILA无法抑制乳腺癌细胞迁移。本研究结论表明，SRSF1/7与CAR-N中的集群基序的结合促进了TREX的招募，促进了NKILA的输出，并证实了NKILA定位对其功能的重要性。

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Fig4. 无内含子lncRNA NKILA输出的模型

原文链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34096602/



Cancer Res丨LncRNA SAMMSON在BRAF突变黑色素瘤细胞中介导对RAF抑制剂的适应性耐药

IF：9.725
2021年6月1日

长链非编码RNA(lncRNA) SAMMSON是人类黑色素瘤细胞生长和存活所必需的。然而，SAMMSON是否调节突变BRAF黑色素瘤细胞对RAF抑制剂的反应仍然未知。本研究发现抑制ERK信号传导后SAMMSON迅速被诱导，并且SAMMSON过表达使黑色素瘤细胞对维罗非尼诱导的细胞毒性产生耐药性。SOX10介导了维罗非尼对SAMMSON的转录诱导，而K55处的SOX10 SUMO化对该功能至关重要。此外，SAMMSON的缺失激活了p53信号，这依赖于SAMMSON相互作用蛋白CARF。在体外和体内，SAMMSON的缺失使突变的BRAF黑色素瘤细胞对RAF抑制剂敏感，而CARF敲低则逆转了增强的敏感性。总之，这些发现表明SAMMSON可能通过调节CARF-p53信号，在黑素瘤中作为一种新的调节RAF抑制剂适应性耐药的介质。
意义：本研究强调了SAMMSON/CARF/p53信号轴在调节突变BRAF黑色素瘤对RAF抑制剂的适应性耐药中的作用。

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Fig5. SAMMSON/CARF/p53信号轴参与调控BRAF突变黑色素瘤细胞对RAF抑制剂的适应性耐药机制

原文链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34087780/
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