人类基因组是由约30 亿个字符组成的遗传“密码本”，决定细胞和个体发育的命运。该“密码本”的98%字符是具有“暗物质”之称的非编码序列，而且约80%能够转录成为 “暗物质”核糖核酸（RNA）1。这些“暗物质”RNA大多数都是不具有帽子结构的RNA（noncapped RNA，napRNA），且普遍作为非编码RNA（ncRNA）在基因表达调控和疾病发生发展中扮演了重要角色。然而，目前的研究主要集中于具有帽子结构的RNA（capped RNA，capRNA）2和短的napRNA3，人们对长的napRNA（序列长度≥100核苷酸）的种类组成、结构、生物生成及功能机制都知之甚少。
2024年3月18日，中山大学生命科学学院杨建华/屈良鹄/李斌团队在Nature Communications期刊上发表了题为“NAP-seq reveals multiple classes of structured noncoding RNAs with regulatory functions”的研究论文。该研究开发了NAP-seq测序技术和napSeeker算法，在单碱基精度鉴定具有各种末端修饰的napRNA的全长序列，发现多种新类型napRNA和成百上千的新结构型ncRNA，解析它们在不同的细胞刺激和骨骼肌分化阶段的动态变化图谱，揭示了napRNA的表达、结构特征、生物生成特性及其在细胞活动中的功能机制，为在各种生物中发现新的结构型napRNA及其功能机制研究提供了新方法和新思路。
由于napRNA一般不具有polyA尾，因此传统的利用PolyA富集的RNA-seq方法无法鉴定napRNA。即使是测定total RNA的RNA-seq方法由于通过随机六聚体引物对片段化的RNA进行逆转录（RT）产生cDNA，也导致无法鉴定全长的napRNA序列和不能用于分类napRNA及不能用于确定其二级结构等等。虽然通过小RNA测序（sRNA-seq）技术测定短napRNA发现了一些功能性小非编码RNA（如：miRNA，piRNA），然而几乎所有涉及sRNA-seq的研究都集中在小于50 核苷酸的napRNA，而不是各种长度和不同末端修饰的所有napRNA，尤其是长链（≥100 核苷酸）和结构复杂的napRNA。针对这些问题，研究团队开发一种捕获长链napRNA的全长序列的新测序方法—NAP-seq，具体的简化步骤包括：对RNA样品进行除杂、T4 PNK修复RNA末端、长度筛选、自主设计的3’端接头和5’端接头连接、非目标RNA的去除、巢式RT-PCR与预扩增、可选的片段化、在两种不同的测序平台（Oxford Nanopore三代单分子测序平台和Illumina二代测序平台）测序和开发新算法鉴定napRNA等步骤。
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