剧情里还是有一些比较巧妙的设定，比如分析师为了困住尼欧，同时又能让他产生大量的精神能量，就把尼欧的记忆封印在他自己设计的电子游戏中，让他陷入分不清现实和虚幻的无尽的死循环之中。之后，尼欧利用埋藏在自己深层意识中对现实的怀疑，在自己的游戏代码中设计了一个能够带领自己从虚拟世界解救出去的墨菲斯的化身。这就很有佛教的意境和禅机，就好像带领我们能从这个如梦如幻的娑婆世界解脱的佛陀，其实也不过是我们经过无数次生死轮回，无数次对这个世界产生怀疑的记忆，在我们的阿赖耶识中变化出来的化身。这里的剧情如果能再多加些笔墨，就能让情节更加丰富和饱满一些，可惜只是一笔带过了。还有一些设定，比如虚拟世界中增加了一些看似普通人的NPC，这些角色是为了让真实人类更沉迷于虚拟世界中物欲享乐，使之忘记了对世界的怀疑，很像是佛教中魔王的角色。再比如虚拟世界的人和水果在现实世界也能复活重生，很像是日本科幻小说“环界”里的设定（“环界”就是大名鼎鼎的“午夜凶铃”的原著小说）。从这里还有人类在现实世界新的聚居地城市起名为“IO”（输入输出），其实就可以看出导演在前三部就一直想表达的人和机器，不会是一直对抗，而是要找到一种和谐共生，达到微妙的平衡的一种思想理念。总结来说，第四集在思想内涵上对前三部有一些继承和创新，但展开不足，后半段的动作戏比较拉垮，在电影院看还是值回票价的。

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