本贴只讨论最坏情况。

1，中央最新机构改革，鼓励职能相近的部门合并，中科院、科技部职能相近。

合并后，中科院只保留学部，其余机构由科技部各司直接管理，科技部增加几个对应的职能司。院机关的人除学部人员外，其余都分流到科技部机关，转为公务员。

2，整建制合并会保证中科院研究所不会流失并入地方。

3，不管是理论所还是应用所以国家队身份，侧重理论、应用前沿、卡脖子研究，研究所不用再担心经费和项目来源。

4，2、3都成立，则国科大当初成立的前提不存在，可以重新合并到中科大，校名为中国科学技术大学，总部放在北京，在重要的城市如合肥、南京、苏州、上海、深圳、广州、重庆、成都、武汉、西安、沈阳、长春等设立分校区。

5，科技部下面目前没有大学，中国科学技术大学与科学技术部在名字、办学方针等各方面都对口，中科大的办学模式还实行“全院办校、所系结合”，强强联合。

6、中国科学技术大学，中科院各研究所由科技部直属管理。
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