1992年中央指定的书记、校长职务由中央管理的副部级大学(14所)
北京大学、清华大学、中国人民大学、北京师范大学、北京理工大学、北京航空航天大学、中国农业大学、北京医科大学(2000年4月3日，与北京大学正式合并）、中国科学技术大学、复旦大学、上海交通大学、西安交通大学、哈尔滨工业大学、西北工业大学
2000年增列的副部级大学(7所)
浙江大学、南开大学、天津大学、南京大学、武汉大学、四川大学、中山大学
2003年12月增列的副部级大学(11所)
吉林大学、中南大学、厦门大学、大连理工大学、山东大学、同济大学、西北农林科技大学、华中科技大学、东南大学、中南大学、重庆大学、兰州大学
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