中科院大学自身属于大学，其前身是于2001年新成立的中国科学院研究生院。
但是中科院大学 + 研究所就不是真正的大学，中科院大学与研究所是平级的独立法人，人事、财务双方都是独立的，谁也管不了谁。
也正是上面的原因，教育部、财政部、国家发改委主导的学科评估、
双一流都不承认中科院大学 + 研究所是真正的大学，所以中科院大学 + 研究所只能以研究所的身份参加学科评估，不能以大学身份参加学科评估。国家第二轮双一流也只给了中科院大学2个学科，这2个学科其实就是给中科院大学自身的，不是给中科院大学 + 研究所的。
中科院下面其实有几十个很强的研究所，其学科水平按学科评估来说至少几十个所都是A+水平，另外还有很多A、A-水平的所。
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