首批试点建设高校：
清华大学、北京航空航天大学、北京理工大学、浙江大学、哈尔滨工业大学、上海交通大学、东南大学、华中科技大学、重庆大学以及西北工业大学

第二批国家卓越工程师学院建设高校：北京科技大学、北京邮电大学、天津大学、 大连理工大学、 哈尔滨工程大学、 同济大学、 南京航空航天大学、南京理工大学、华南理工大学、电子科技大学、西安交通大学、西安电子科技大学、中国石油大学（北京）、南方科技大学。
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