巴斯克人可能是欧洲旧石器时代居民克罗马侬人的后裔，主要根据是巴斯克语和印欧语系基本上没有联系，可见巴斯克人在印欧人进入欧洲之前，早已在伊比利亚半岛上生活。

2015年，瑞典乌普萨拉大学发表一篇基因科学研究[6]，认为巴斯克人是新石器时代的农民后裔，但基因混合参有当地中石器时代猎人族群，两者结合的基因与欧洲其他地区的基因，隔离数千年独立发展[7]。

该研究分析西班牙北部阿塔普埃尔卡的埃尔波尔塔隆（El Portalón）洞穴中的八具石器时代人类遗骸，发现这些人在3,500-5,500年前已过渡成为农业生活，是当今巴斯克人的近代祖先[8]。因此认为巴斯克人祖先可追溯到伊比利亚半岛的早期农业群体，而非其他研究早先推论的中石器时代狩猎采集群体的遗留族群。在大约两千年的时间中，巴斯克人的新石器时代早期农民基因与当地西南地区的狩猎采集者基因持续混合。

研究也发现，虽然巴斯克人在数千年中相对孤立，但后来迁徙到伊比利亚半岛后，也与其他伊比利亚人群体基因混合[9]。因此这个巴斯克混合群体的基因也是现代伊比利亚人祖先基因之一。
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