天主教耶稣会1534年由西班牙贵族伊纳爵·罗耀拉创立，1540年经教皇保罗三世批准。其最高权力机构为耶稣会公会，隶属于教皇。耶稣会成员统称耶稣会士须立“三绝”誓愿，绝对效忠于教皇、服从总会长。耶稣会建立不久，即开始向亚洲、非洲、美洲派遣传教士。向中国派遣传教士始于明嘉靖三十年（1551年）。1560年第一批耶稣会士抵达澳门。1576年澳门教区成立。所有派往中国的耶稣会士均经澳门进入中国內地。

利玛窦深知要使天主教在中国真正扎根，首先必须取得明朝皇帝的允诺和支持。用他自己的话来说：“假使我们不能在南北两京到皇宫里，对着皇上宣讲福音，设法求得他的许可，至少允许我们在中国境內自由传教，那么将来传教就得不到保障，也就什么也不能成就。”万历二十六（1598）年他经由南京到达北京，后又返抵南京。两年后再到北京，进呈天主、圣母像及珍珠镶嵌十字架一座、自鸣钟两座、《万国图志》等厚礼，得到明神宗朱翊钧的信任允其在北京建立教堂。

传教士初入华，开始以僧人打扮示人。后来他们明白儒士在中国地位较高，又改换为儒士装扮。他们狡诈的制定出本土化适应传教策略，尽管不符合天主教本心，但对儒学以及中国一些习俗等也不得不加以吸收、融合。以合儒、补儒相标榜，因此赢得相当一批达官士绅和民众的响应和信奉。

期间一度受南京教案（1617年）打击而蛰伏一段时期。南京教案中被万历驱逐出境的两首犯传教士，在澳门潜伏数年后，改名换姓，又潜入内地主持传教活动。

崇祯帝因推算日、月蚀的士大夫屡屡出错，令崇祯十分不满，于是又准许传教士进中国，天主教在中国又再度活跃起来了。到崇祯末年天主教传教十三省天主教徒约十五六万。

明朝被推翻后，满清入主天下，朝代的改变，并没有影响天主教在中国的发展。天主教凭借跟满清皇帝的良好关系比明末有了加速发展，在满清皇帝的默许下当时中国十几个主要省份都建立了教堂，十七世纪末时信徒人数比明朝几乎增加一个数量级，达一百二十万。但就在教会顺利发展时，传教士之间在尊孔敬祖问题上，却产生了很大的争论，使教会受到很大的影响和打击。

天主教并没有在中国扎下根来。究其原因：

    “先是利玛窦派以为中国人尊孔敬祖与崇拜偶像不同，可以通融办理；而龙华民派则反对甚力。其后他会教士至者渐众，大都不通汉学，力斥耶稣会之非；遂以其事讼于罗马，教皇先后派钦差铎罗、嘉罗来华查办，二人皆不谙汉语，何论汉学，故贸然判定尊孔敬祖为异端，不许通融。而是时康熙帝则坚持尊孔敬祖，即不准在中国传教。罗马与康熙两方意见不能相容，传教事业遂几乎中断。”
    
耶教再度传入中国始于马礼逊。他是第一个到中国的新教传教士，1807年受英国新教伦敦传道会派遣前来中国，从事翻译《圣经》、编纂中英字典及传教活动。自1809年起任广州东印度公司商馆中文翻译兼秘书达25年。由于清廷实行禁教政策，马礼逊以马六甲为对华传教基地。1815年创办英华书院，培养传教人员并大量刋发传教印刷品。1833年他在给伦敦会的报告中写道：“前数日，梁发得一非常良好之机会，将《圣经》日课及其自作之小书分与来省考试之生员。此等青年皆自百里外之乡村来省考试者也。”

这是耶教第四次传入中国。与上一次不同，传教士多为新教徒。马礼逊来华时正当中国禁止耶教的时候，只能暗地里从事传教活动。鸦片战争后，传教士凭借西方列强的庇护，再次来华传教。道光二十五年（1845年）清廷下诏开禁。

这一次传教士与前三次不同，多凭借本国实力地位，以不平等条约为依据，干扰中国地方行政，破坏司法权限。甚至任意出入地方衙署，斥责官员，擅作威福。在传教过程中挑拨教徒与非教徒的纠纷，凡教徒犯案，辄包揽词讼，曲庇教徒。
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