郑和石碑损坏严重的原因主要有以下几点：
1. 石材质量：郑和石碑使用的是一种叫做石灰岩的石材，这种石材相对比较脆弱，抗风化、抗腐蚀能力较差，容易受到自然环境的侵蚀。
2. 历史原因：郑和石碑经历了长达数百年的历史沉积，曾经遭受过地震、火灾、盗窃等不同程度的破坏和损失，导致其整体结构和石材表面都严重受损。
3. 保护措施不足：长期以来，由于保护措施不够完善，郑和石碑受到了大量的人为破坏和腐蚀，例如有人曾在其表面刻划文字、绘画，也有人在其表面涂抹油漆等物质。
综上所述，郑和石碑损坏严重的原因是多方面的，包括材质、历史原因以及保护措施不足等。为了保护这样的历史文物，需要加强保护意识，采取必要的措施进行修复和保养。
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