雄蕊纲（Didynamia）内目的名称。而它要演进至现今所指的范畴，则是直到了罗伯特o布朗于1827年在苏铁和松柏目中确立了真实裸露胚珠的存在，正确地称呼它们为裸子植物后，才变得可能。在此之前，只要裸子植物被（且通常）指为双子叶开花植物的话，被子植物就会被用做其反义名，加上不同的局限，以做为其他双子叶植物的总称。
霍夫梅斯特于1851年发现了开花植物中胚珠的变化过程，且决定了其和维管植物间的关系，此一进展将裸子植物修正为和双子叶植物不同的一纲，而被子植物则渐渐被接受来指裸子植物之外的整个开花植物，且因此包括双子叶植物纲和单子叶植物纲。这即是现今所接受且使用的名词意义。
在大多数的分类学里，开花植物都被视为是一相关的群体，但其阶层并不一定。韦特施泰因系统和恩格勒系统使用 Angiospermae（被子植物亚门）这一名称，且将其列为亚门；而 Reveal 系统则是使用 Magnoliophytina（木兰亚门）这一名称，亦列为亚门，但随后便将其分成木兰纲（相当于木兰类植物）、合百纲（单子叶植物）和蔷薇纲（包含大多数真双子叶植物）。塔赫他间系统和克郎奎斯特系统使用 Magnoliophyta（木兰门）这一名称，并列为门。戴尔根系统和索恩使用Magnoliopsida（木兰纲）这一名称，并列为纲。但是，1998年的APG系统和2003年的APG II系统并不为其设立正式的分类层级，而把它视为一个演化支，称之为被子植物分支。
（1）分类史
自达尔文始，已有30多位学者提出了被子植物的（有的是种子植物或维管植物的）分类系统。但由于被子植物的系统发育中普遍存在的：
①镶嵌进化或异级度性；
②趋同进化；
③生殖阻障的起源和表征的分化之间存在着某种独立性；
④由杂交、异源多倍化、遗传物质的非谱系传递（如通过病毒）、以及很不相同的分类群的共生性“融合”所造成的非趋异性网状进化，使这项工作的复杂性大大地增加了。
但一般对被子植物的单元发生、单子叶和双子叶植物间的亲缘关系、木兰目和与其近缘目的原始性、具退化单性花的风媒传粉科的次生性质等许多问题，现已基本上取得了一致的认识。
几个现代著名的被子植物分类系统有许多不一致的地方，这不仅有形式方面的问题，也有基本原理方面的问题。例如，在有关分类群的范围方面，有的使用范围较大的高级分类群来更好地表示亲缘关系（如RoFo索恩系统，1983年；Ao克朗奎斯特系统，1981年），有的则使用范围较小、特征较明显的、无疑具有共同祖先的高级分类群（如Ro达尔格伦系统，1983年；Aoлo塔赫塔江系统，1980年、1988年）。克朗奎斯特系统着重于形态性状和实际应用方面，检索表一直到科。对比之下，达尔格伦系统更重视化学、超微结构和胚胎学性状，显然不那么容易被野外和标本室分类学家所理解。
Ao克朗奎斯特（1981年）分类系统的系统大纲是：将被子植物门（Angiospermae，又称木兰门，Magnoliophyta）分为双子叶植物纲（Dicotyledoneae，又称木兰纲，Magnoliopsida）和单子叶植物纲（Monocotyledoneae，又称百合纲Liliopsida）。双子叶植物纲分为6个亚纲：木兰亚纲（Magnoliidae）、金缕梅亚纲（Hamamelidae）、石竹亚纲（Caryophyllidae）、五桠果亚纲（Dilleniidae）、蔷薇亚纲（Rosidae）和菊亚纲（Asteridae）；将单子叶植物纲分为5个亚纲：泽泻亚纲（Arismatidae）、鸭跖草亚纲（Commelinidae）、槟榔亚纲（Arecidae）、姜亚纲（Zingiberidae）和百合亚纲（Liliidae）。
Ao克朗奎斯特的基本观点是：
①被子植物起源于一类已经绝灭的种子蕨；
②现代所有生活的被子植物各亚纲都不可能是从现存的其他亚纲的植物进化来的；
③木兰亚纲是被子植物基础的复合群，也就是通常所称的毛茛复合群，花被十分发育，雄蕊多数、向心发育，具2核花粉和单淘花粉，雌蕊由单心皮组成，2层珠被，厚珠心胚珠，除樟科外都具内胚乳，它是被子植物中原始的一个亚纲，木兰目（Magnoliales）是现存的最原始的被子植物；
④金缕梅亚纲是一群花减化（无瓣、生在柔荑花序上）的风媒传粉群，在将一些无关的科如杨柳科（Salicaceae）移出之后，这个亚纲主要还是传统的“柔荑花序类”植物；
⑤石竹亚纲是由石竹目和与该目有直接亲缘关系的类群组成，这个群趋向于具有特立中央胎座或基底胎座，许多成员都含有甜菜碱，这在其他亚纲中是不存在的，该亚纲仅有几个科是合瓣的；
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