建国50周年，23位获得两弹一星奖的科学家，有9个是叶企孙的学生，2个是他学生的学生。
在被抄家、揪斗、关押，劳动改造，和无何止的交待历史问题等折魔后，叶被收进吕正操专案组。
因为叶企孙的一个在清华担任中层干部的学生，举报梅贻琦和叶企孙是中统特务。
主要是审查两个问题，一，与熊大正的关系，二，与朱家骅的关系。
熊大正是叶的学生，没毕业，受地下党人的劝说，到冀中军区吕正操部，但任供应部长，研制TNT炸药和短波通讯设备。在此过程中，熊向叶请教，得到了叶的帮助。
我们的电影，地雷战地道战等，描写是农民用土办法制造地雷，炸鬼子哭爹叫娘，却没有知识分子的身影。
1939年9月，晋察冀军区锄奸队怀疑熊大正等知识分子是CC特务，未经聂荣臻批准，直接逮捕189人，吕正操虽然是司令员，但他原是张学良的副官，刚加入共产党，无权过问。熊大正后来被处绝。
新中国成立后，叶一直为他的学生奔走，希望平反昭雪。没想到此善举成了他的罪证。
经过两年关押审讯，由于证据不足，加上周思来的批示，叶被放出监狱，由北大红小兵对其隔离审察。叶又从监狱进入地狱。在乱拳加棍棒的伺候下，叶成了一个胡言乱语的疯子。
看管的红小兵稍微放松一点，叶就溜出来在中关村一带讨吃喝，嘴里嘟囔着别人听不懂的话。
他头发花白，弓着背，整个身子呈90度，穿一双破棉鞋。到一家小摊儿，就伸手索要一两个带有虫咬疤痕的小苹果，边走边津津有味的啃着。碰到教授模样或学生打扮的人，便伸出一只枯干的手，说：你有钱给我几个。熟悉的朋友看到，不禁潸然。
1972年，海外友人任之恭、赵无任和学生辈的杨振宁、林家翘、戴振铎陆续回国观光时，向相关部门请求探望叶企孙，均被拒绝。有人悄悄去北大家属区探听，也被发现并劝阻。
1977年1月13日，精神分裂症的叶企孙，在北医三院去世。
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