1959年秋，在庐山会议上，周小舟由于同情彭德怀，被错误地定为“彭（德怀）、黄（克诚）、张（闻天）、周（小舟）反党集团”成员，受到撤销职务处分。
周小舟初上庐山，还是庐山会议文件起草小组的成员之一。可是下山的时候，却成了"彭、黄、张、周"反党集团的成员。周小舟为什么受到批判呢？从根本上说，是他在庐山会议上的纠 "左"观点，与耄当时对形势的估量相矛盾，被认为是反党、反毛。另外还有四件事，引起了耄的震怒：一是，1959年7月11日晚，耄找周小舟、周惠(湖南省委书记)、李锐(水电部副部长、毛主席当时的兼职工业秘书)谈话，主要内容是：综合平衡过去搞得不好；这次会什么都可以谈；去年农业估产过高，国乱思良将，家贫思贤妻。谈话气氛轻松活泼，常有笑声。在耄讲去年"估产过高"时，周小舟插话说："高指标是'上有好者，下必甚焉'"。这句很有分量的话，耄因为当晚高兴，并未觉得刺耳。可是后来彭德怀的"意见书"出现后，耄就认为周小舟的这句话表明他是与彭一起"反上"的。8月15日，耄还把这句话作为反对他的话，写进了一个批示中。
第二件事，更加深了耄对周小舟的不满。7月12日，耄与周小舟等谈话的第二天，他们就把谈话的情形向彭德怀讲了。彭德怀听后说，他正要给主席写一封信(即后来的"意见书")，周小舟表示支持。这件事被视为传统支持彭德怀上书，是一个"集团"的。甚至作为彭德怀"有组织、有计划、有预谋""攻击党"的证据。
第三件事，7月16日，耄把彭德怀的"意见书"批给大会讨论。周小舟本着"什么问题都可以谈"的精神，较早地发言，基本同意彭信中的意见。
第四，特别是7月23日晚，周小舟等到黄克诚住处聊天。不久，彭德怀也不期而至。有人看到后报告给了中央主要负责人。中央认为这是"地下串联"，还追查出他们在聊天中讲了些对耄不满的话。

耄告诉周小舟，只要他写一个检讨，起来"揭发"彭德怀，仍然可以回湖南工作。周小舟流着眼泪对耄说："主席，我不能写这样的检讨，彭总的意见书中有很多材料是我告诉他的，是我们动员他找主席谈的。我以为以他的身份向主席谈可以起作用，他才写的，我怎么能批彭总呢？"耄听罢此言，眉头紧锁，向其挥手说："你走吧！"
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