2018年3月，上海市公卫中心与张永振达成为期5年的科研合作协议，并于2020年8月由中国疾病预防控制中心传染病研究所商调来全职工作。而在2023年3月协议结束之前的2022年11月，中心就开始“驱离”张永振及其团队成员。此后经多方斡旋，“驱离”动作暂缓，但双方仍然未就700多万科研经费，以及300余万的劳务费和科研奖励达成一致。

2023年9月，他的团队又在顶刊《Cell》发表了一篇关于野生小型哺乳动物病毒传播的研究论文，署名单位为粤港澳大湾区精准医学研究院（广州）和复旦大学生命科学学院，但没有上海市公卫中心。
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