2025年3月7日，广深城际铁路正式实施新的列车运行图。新运行图实施后，广深城际铁路将开行列车179趟，其中广州东站至深圳站直达列车由每日8对增至11对，增幅达37.5%，其中“整点直达”车10对，全程运行时间压缩至60分钟，较其他车次最大节省40分钟，预计每日惠及通勤旅客5万余人。[45]
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