1986年，清华附中与清华大学合办“马约翰体育特长班”，全国招生。

1986年学校创办了《清华大学学报》（哲学社会科学版），理工类学报相应更名为《清华大学学报（自然科学版）》。

1986年，高校毕业生分配制度改革启动。 清华大学和上海交通大学开始试点实行毕业生和用人单位双向选择制。
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