鲁迅在《我的种痘》一文中，回忆小时候的上海，给孩子们种痘的方法有三样。一样是得了天花后请个医生，拜拜菩萨，死掉的虽然多，但活的也有。另外两样，则是中国古法的人痘术和从西洋传过来的“牛痘”了。

这样的分类有简化之嫌，因为在相当长时间内，中国人即便在用后两种方式种痘的时候，也是结合着第一种求神拜佛的方式一起展开的。

上海《申报》1874年12月29日刊发署名文章《论牛痘》，其中提到：中国人种痘时的表现和患天花一致，一边设坛祀神一边延医服药，慎饮食同时谨起居，戒风寒、恶污，不能看黄色图画，晚上更不能有性生活，如此达半月之久，才算一个疗程结束。

这个说法和《红楼梦》的描述一致。当王熙凤的女儿大姐儿得了天花后，医生开出的方子是：“预备桑虫猪尾要紧”，“一面打扫房屋供奉痘疹娘娘，一面传与家人忌煎炒等物，一面命平儿打点铺盖衣服与贾琏隔房，一面又拿大红尺头与奶子丫头亲近人等裁衣。”这显示出18世纪中国上流社会对天花的应对之策：拜神（供奉痘疹娘娘）、避免五行冲犯（忌煎炒等物）、无性生活（隔房）、冲喜（大红尺头裁衣）以及中药治疗（完全无效的桑虫猪尾）。

从清末媒体的报道也可以看出，“延医设坛种痘”几乎成为一个固定词组，它意味着一个传统医师要同时兼具两种职能：一面设坛拜神，一面种痘。


比较具有典型意义的是清末第一份也是最有影响力的报纸《申报》，既有呼吁种痘的报道，又有各种伪科学“种痘神方”的推广。以1900年5月30日为例，该报刊有《小孩月内种痘神方》一文，称用金银花一钱、红花一钱、桃仁一钱、荆芥穗一钱、生地黄二钱、当归二钱、生甘草五分、赤芍药二钱，以河水两茶盃煎至一酒盃。再取种痘的小孩脐带约二三寸，放瓦上焙干（忌用煤火），研末调入药内。令小孩分数次服完，即可保不得天花。此药方必须在产后18日内服用，过了18日即无效果。

很显然，这个药方和“种痘”全无关系。人痘亦或牛痘，都是通过感染危害较小的的病毒，产生抗体，从而获得针对天花的免疫力。金银花等等并不具有这些功能。药方中对水（需要河水）、火（忌用煤火）和焙干工具（必须是瓦）的要求，以及产后18日的时间限定，都带有深深的祝由色彩。

该文还要求每年必须观察天象，如果除夕和正月初一晚上天气晴朗，则无论传统的人痘还是西来的牛痘，都无妨害；如果天气不好，则这一年不要种痘。不过，如果是服用上文所述的金银花药方，则无论什么天气均可。

《申报》可以说聚集了当时最具中西融通意识的知识分子，在1900年尚且能刊发如此不着边际的文章，民间社会对种痘的普遍认知更等而下之了。

不过，虽然巫医并未因种痘术而绝迹，但确乎也受到了影响。尤其是传自西方的牛痘术，并没有中医所要求各种祝由仪式，包括男左女右、忌口等被中国人视为普世真理的内容，都被解构殆尽，更不要说设坛扶乩和跳大神这种治病方式了。

所以清末广泛流传一种说法，认为牛痘术不如人痘术，其理由为：种牛痘的小孩天花毒物不能尽泄。中国传统的人痘术，痘痂经由鼻孔流贯全身，会让毒物泄尽；而牛痘仅种于臂膀上，尚不能排泄四肢的毒性，更不要说五脏六腑之毒了。

1875年1月2日《申报》的一篇文章，认为类似的谣言是“巫医”在背后散播，这导致了很多中国人对牛痘的排斥。
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