人痘术的成功率远不如牛痘术，除了因种痘导致死亡外，还可能种痘未出而无法获得免疫力。所以虽然有中国最出色的医师，但在康熙之后，清皇室子女仍多有死于天花的案例，其中仅道光帝就有三女儿和七女儿，分别在11岁和5岁时发痘身亡。

人痘施种，还有可能扩散人体内的传染病。所以一直到20世纪末，中国民间种痘比例其实非常低。


在19世纪初，西方国家就开始大范围接种牛痘疫苗。嘉庆年间（1821年之前），牛痘术亦传至中国，最早是进入广东，但甚难普及，包括皇室亦未有接种的记载，在这之后，同治皇帝于19岁时死于天花。

1876年5月29日，上海《申报》一篇题为《论中国崇尚西法》的文章，分析了牛痘在中国不受欢迎的原因。该文称，西医确实有好于中医的地方，只是华人每每听信无稽之言，相信“洋人欲取人身体器官”、“西药有损无益”这些说法。所以虽然洋人广设医局，但华人很少敢去就医。如果是没有见到药效不敢轻试，倒还属慎药谨疾，可以理解；但种牛痘一事，嘉庆年间广东业已试行，皆有效验，及通商而后各海疆均已通行，华人前往种痘者都有益无损，今已十多年，而离海疆数十里之地，仍无人相信。所以虽设局代种牛痘，不取分文，而前往施种者仍寥寥无几，大家仍都愿种中国之痘。

进入1870年代，中国沿海很多有识之士，已经认识到牛痘的优越性。但牛痘局的设立，普遍受到保守势力的阻挠。浙江一个叫程憩亭的作者撰文称，他所在县邑，自戊午年（1758年）为保全婴孩起见，设立牛痘局，每年春天请医施种，每年有四五百小孩获益。他的两个女儿，因种了牛痘，至今健康无虞。不料壬申年（1872年）春，“有种鼻苗（人痘）之医生，因生意日微，造言朦禀，称牛痘种后复出，地方上无人信从，请即撤局云云。于是局即撤去。”到了1875年冬，天花盛行，“鼻苗所种者十夭三四”。因无牛痘局，程的儿子也不幸感染天花死去。
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