因扎吉签下了一份为期一年的合同，赛季末可选择连任。

2012年，因扎吉退役后正式出任AC米兰U17青年队主教练。2014年，因扎吉正式出任AC米兰一线队主教练。2015年，因扎吉因战绩不佳被AC米兰俱乐部解除教练职务。

2016年，因扎吉执教意丙球队威尼斯足球俱乐部，2016/17赛季，因扎吉率领威尼斯在意丙联赛中取得23胜11平4负的战绩，夺得意丙联赛B组第一名，获得了参加2017/18赛季意乙联赛的资格。同时他也荣膺2018年意大利足球乙级联赛最佳教练。

2018年，因扎吉出任意甲博洛尼亚足球俱乐部主教练，但只持续了一个赛季就与俱乐部解约。
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