1984年6月28日，瓜迪奥拉从Gimnàstic de Manresa转会到了巴塞罗那俱乐部。以”从Gimnàstic de Manresa那个小子“的称号开始了在巴塞罗那的青训生活。在6年的时间里，瓜迪奥拉完成了青年队到二队在到一线队的三连跳。
1990年12月16日，在时任巴塞罗那主教练约翰·克鲁伊夫的提拔下，瓜迪奥拉首次登上诺坎普的舞台。1990-91赛季，瓜迪奥拉在当时拥有巴克罗、贝吉里斯坦、大劳德鲁普组成的中场阵容里没有获得多少出场的机会，仅出场6次，但博得了各方好评。
1991-92赛季瓜迪奥拉成为一线队的常规球员，各项比赛共为巴萨出场37次，帮助巴萨卫冕西甲联赛冠军并夺得了巴萨历史上第一座欧洲冠军杯奖杯，被当时极具声望的意大利杂志Guerin Sportivo评为1992年年度欧洲最佳新秀。这一赛季，瓜迪奥拉成功的成长成一个典型的巴塞罗那式”4号球员“。
1992-93赛季和1993-94赛季，瓜迪奥拉以主力身份随同球队首次在西甲联赛中完成四连冠伟业。
1997年，在老队长巴克罗退役之后，瓜迪奥拉又肩负起了球队第一队长的重任。
1997-98赛季，范加尔率领重新夺回西甲冠军，瓜迪奥拉却因腿筋受伤几乎错过全年比赛。
1998-99赛季，伤愈归来的瓜迪奥拉率领巴萨卫冕了西甲冠军。
2001年4月11日，瓜迪奥拉向所有人宣布他将离开巴萨。
2001年6月17日巴萨3-2击败瓦伦西亚的成为了瓜迪奥拉在红蓝军团球员生涯的谢幕演出。
他在巴萨效力了17个赛季，其间随球队6夺西甲联赛冠军，并在1992年获得欧洲冠军杯，1997年获得欧洲优胜者杯冠军。此外还赢得了两届西班牙国王杯，两次欧洲超级杯以及四次西班牙超级杯，长期在巴萨担任队长的瓜迪奥拉被送以“国王”雅号。
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