随便说几个点。
  
学而优则仕：“聪明”的研究者未必有兴趣专心做创新。
  
行政对于科研活动干预过多：用评价和考核简单劳动的量化指标来评价和考核创新这种复杂劳动，结果只能是很多“聪明人”用和量化指标相适应的“简单创新”（例如灌水文））来谋求自身利益的最大化。
  
急功近利、短视：一百多年前被彻底打服之后才懂得科技不是“奇技淫巧”，但骨子里依然功利，觉得科学理论没啥用；或者虽然有用，但让外国人去做，我抄过来就可以。缺乏尝试基础探索和源头创新的信心和能力。
  
各种项目各类帽子满天飞：有关部门似乎不明白一个道理—不做事情的蠢货可能比乱做事情的蠢货更好，唯恐失去存在感，搞出各种繁文缛节的申报评选，把科研圈名利场化，不仅挤占研究者的有效科研时间，更干扰破坏了研究者的心态。
  
学术不端得不到应有的惩戒，“图片误用”只能呵呵。

资料和信息获取成本高：谷歌学者都上不去。

创新的本质是求不同、求突破。没有包容多样性的社会环境，很难有在不同方向上的深入探索者。整天强调统一思想，总是拿管理大工程的思路去事无巨细地规划创新，只能呵呵。
  
更深的不说了，怕给自己惹麻烦。
--
修改:Krete FROM 125.37.99.*
FROM 125.37.99.*