晚明，经这部分学者发展的政治理论有以下几个要点，其中大部分可以被看作是对明代专制主义的抨击。首先，国家是公器是“主”，而君王不过是“客”。其次，皇帝和官员应该是同事或朋友，而不是主仆关系。第三，通过设立掌握实权的宰相和扩大地方的自治权来对皇帝的权力加以限制，皇帝也要接受士大夫的监督。宦官和外戚的权力也应该受到限制。第四，追求财富是合法的，士农工商均应享有平等的地位。

这些非正统的儒学理念对官方正统在思想上的冲击应该说不亚于路德贴在维登堡教堂大门上的《九十五条论纲》对天主教的冲击
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