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书院是民间知识分子著书立说学术交流的场所，天然的促进社会科技文化发展。宋朝时书院发达，是当时科技文化发达的重要载体之一。
蒙元把书院官学化，顺应元仁宗恢复科举时搞出来的“集中思想”潮流，应该是宋到明之间中国科技文化断代、重挫的重要原因之一。加上蒙元时期战乱影响，书院发展第一次重挫，比如有名的岳麓书院、明道书院在蒙元期间都垮掉了。

而书院又是一个明朝初年继承蒙元劣性制度，中后期通过自身发展恢复生机的领域（嘉靖万历年间书院超过宋朝规模）。早期朱88继承了蒙元的搞法，大搞官学，同时也是因为民间力量缺乏，搞官营促进教育。但一些idiot历史学者又是不管不顾蒙元影响，把明前期的书院低潮归因于老朱。
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