我在一个研究所，刚申请了一项专利（职务发明），暂时还没进入实质性审查。
专利涉及一类仪器测量结果的处理，可以同时提高仪器的精度和使用便利性，有一定市场前景，意图一次性把所有权转让给仪器厂商（因为对我们来说，细水长流收授权费不合适）。
现在因为还没进实审，还没跟任何一家仪器厂商详谈。但有一家仪器厂商的用户了解我们这个技术后，觉得对他们很有帮助，想要我们提供含这个功能的软件给他们，他们愿意出几万买这个软件。

我现在的顾虑是，如果我们以研究所的身份给对方开发这个软件并收费，是否会给后期专利的转让带来不便？是否需要研究所给对方一份使用该专利的授权？
另外，如果研究所给对方开发了这个软件，后面转让的时候是否需要告知受让方？

PS：我们的转让可能会在专利授权前发生，不知道是否影响我的问题？


题外话：这个专利的申请比较波折，两年前技术工作就完成了，但第一位代理写的不好，当时还上本版咨询了一番，版主和一众版友都提供了不少有价值的意见。在此表示感谢~
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